国税庁法人番号公表サイトでは、会社や法人のフリガナが公表されています。

この訂正の方法について、国税庁法人番号公表サイトでは次のように示されています。

（設立登記法人の場合）
　国税庁法人番号公表サイトのフリガナは、法務省から連絡される情報を基にしておりますので、フリガナの変更に関する手続については、管轄の法務局にお尋ねください。

（設立登記法人以外の法人等の場合）
　国税庁法人番号管理室までご連絡ください。https://www.houjin-bangou.nta.go.jp/shitsumon/shosai.html?selQaId=00106

登記されている法人（設立登記法人）の場合、法務局に聞いてね、という感じで丸投げされて情報が分断されているので、法務局の手続きを確認したものとひとまとめにして記載しておきます。

変更登記申請の予定がある場合

この場合の手続きがよくわからないので、東京法務局に確認しました。

変更登記申請書に、正しいフリガナを記載して申請し、そのうえで、「その他申請書記載事項」欄に、たとえば次のように記載すれば訂正ができます。

「商号のフリガナは、国税庁法人番号公表サイトにおいて「●●●」と登録されておりますが、本書のとおり「●●▲」としていただきたく、修正を申し出ます。」

※上の記載は一例であり、趣旨が伝わればどのような書き方でもＯＫだと思います。

変更登記申請の予定がない場合

フリガナを誤って登録した場合、会社又は法人の代表者は、いつでも、フリガナに関する申出書を、管轄法務局に提出して、フリガナを再登録することができます。

申請書の様式などは下記で公開されていますので、ご参照ください。

商業・法人登記申請書に法人名のフリガナ欄を追加します（平成３０年３月１２日から）https://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00109.html